【文献分享】GFP beads文献分享

免疫沉淀（IP）和免疫共沉淀（CO-IP）是蛋白研究尤中极其常用的两个实验，IP利用抗体将靶标蛋白（即抗原）分离出来，主要是为了检测某一种蛋白的表达情况；CO-IP是一种研究两种蛋白在体内是否存在相互作用的有效方法，通过抗体和已知蛋白结合，从而捕获整个已知蛋白复合物，进而研究复合物中与已知蛋白存在相互作用的蛋白。

兰博利德提供的用于IP/CO-IP实验的beads偶联的抗体为纳米抗体，具有特异性高，亲和力高，载量高，稳定性高的特点，且不会出现轻重链污染的问题。目前可以提供用于GFP、RFP、MYC、FLAG、MBP、HA六种标签蛋白的琼脂糖珠和磁珠，欢迎各位老师咨询选购！

一、PNAS (IF:10.8 )

文章标题：

SlCPK27 cross-links SlHY5 and SlPIF4 in brassinosteroid-dependent photo- and thermo-morphogenesis in tomato

客户单位：浙江大学

通讯作者：周艳虹和喻景权

发表时间：2024年7月

主要研究成果：该研究揭示了“HY5-CPK27-PIF4”信号途径整合光温信号，通过影响油菜素内酯（Brassinosteroid, BR）合成来影响番茄形态建成的机制。研究人员发现番茄CPK27的基因表达受到可见光中不同波长光的诱导，但在光受体突变体（phyA, phyB1B2, phyAB1B2, cry1a）中受到抑制。进一步研究发现，光通过光受体诱导ELONGATED HYPOCOTOYL5 (HY5)蛋白积累，HY5直接结合到CPK27的启动子上并促进其表达。然后通过RNA-Seq分析发现HY5和CPK27共同调控的基因在BR合成途径中显著富集。为了深入探究CPK27对BR合成的影响，研究团队还利用酵母双杂交（Y2H）筛库鉴定出PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR4（PIF4）作为CPK27的候选靶标蛋白。通过蛋白-蛋白互作及磷酸化试验证实CPK27可直接与PIF4互作，并在Ser-252和Ser-308位点磷酸化PIF4。此外，研究发现PIF4可结合在BR合成基因DWARF(DWF)启动子上，促进其表达，从而提高BR含量，促进番茄幼苗下胚轴伸长。另外，温度也通过光受体依赖的“HY5-CPK27-PIF4”途径，影响了BR合成，从而影响植株的温度形态建成。该研究不仅拓宽了对园艺作物光温信号通路的认知，也为优化设施园艺光温环境、培育茁壮植株提供了科学依据。

文章链接：

https://doi.org/10.1073/pnas.2403040121

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二、Plant Physiology(IF: 6.5)

文章标题：

JASMONATE ZIM-domain protein 3 regulates photomorphogenesis and thermomorphogenesis through inhibiting PIF4 in Arabidopsis

客户单位：中国科学院植物研究所

通讯作者：林荣呈和淮俊玲

发表时间：2024年3月

主要研究成果：该研究揭示了JASMONATE ZIM-domain protein 3 (JAZ3)在调节植物生长（如光和温度）中的作用和分子机制。研究人员首先发现在红光、远红光、蓝光及弱白光条件下，拟南芥 JAZ3-GFP过表达株系下胚轴均更短，然后通过酵母双杂交实验、烟草荧光素酶互补成像实验（LCI）以及体内Co-IP实验证明JAZ3与PIF4互作。随后研究人员发现JAZ3自发地在体外和体内经历液- 液相分离（LLP），并促进PIF4 LLP的形成。此外，转录组实验结果表明，JAZ3和PIF4共同调控了很多参与下胚轴伸长的基因，例如EXP2、IAA6、IAA19等。最后，通过原生质体转录激活实验和EMSA实验均表明，JAZ3抑制了PIF4对下游基因的转录激活能力和结合能力。

文章链接：

https://doi.org/10.1093/plphys/kiae143

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三、Molecular Cell(IF: 14.5)

文章标题：Spatial organization of PI3K-PI(3,4,5)P3-AKT signaling by focal adhesions

客户单位：中国科学院遗传所

通讯作者：何康敏和方晓红

发表时间：2024年11月

主要研究成果：该研究揭示了PI3K-PI(3,4,5)P3-AKT信号的生长因子独立的区隔组织机制。研究人员发现在基础条件下，在含有p110a突变的人类癌细胞中，局灶性粘连（FAs）是组织PI3KPI(3,4,5)P3-AKT信号激活的亚细胞信号枢纽。还发现IA类pi3k优先被招募到FAs活化，导致在FAs周围局部产生PI(3,4,5)P3。作为PI(3,4,5)P3的效应蛋白，AKT1分子在FAs周围被动态募集激活。PI3K-PI(3,4,5)P3-AKT级联的空间募集/激活由活化的FA激酶（FAK）调节。此外，p110a和FAK的联合抑制对癌细胞的抑制作用更强。该研究通过开发和利用多种脂质研究的新方法，发现了黏着斑作为信号中心，激活并调控PI3K-PI(3,4,5)P3-AKT信号通路。经典理论认为PI3K-PI(3,4,5)P3-AKT信号通路的时空激活主要依赖于配体激活后的受体酪氨酸激酶或G蛋白偶联受体，而黏着斑介导的PI3K-PI(3,4,5)P3-AKT信号的时空激活，是一种生长因子等配体非依赖的机制，该机制可能是细胞在基础或生理状态下，响应细胞外环境激活PI3K-PI(3,4,5)P3-AKT信号的主要途径。

文章链接：

https://doi.org/10.1016/j.molcel.2024.10.010

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四、Cell Reports(IF:7.5 )

文章标题：

Domestication-selectedCOG4-OsbZIP23 module regulates chilling tolerance in rice

客户单位：中国科学院植物研究所

通讯作者：徐云远与种康

发表时间：2024年11月

主要研究成果：该研究克隆到了耐冷QTL主效基因COG4并发现COG4与OsbZIP23共同调控水稻耐寒性。研究人员对前期鉴定到的耐冷遗传位点qCTS1-2进行图位克隆发现了该位点的主效基因COG4（编码转录因子ENAC1），并在粳稻品种日本晴中验证了该基因对低温的调控作用。然后通过序列比对和群体遗传学分析显示，COG4的启动子-317处存在一个重要的变异位点Var9（CT），绝大多数粳稻材料在此处含有CT，而籼稻不含这两个碱基。由于Var9（CT）位于转录因子OsbZIP23的结合基序上，在OsbZIP23结合并激活COG4表达的过程中发挥关键作用，导致粳稻中COG4对低温的应答高于籼稻。同时科研人员也发现OsbZIP23在籼粳稻中存在明显的分化，在低温胁迫时，粳稻中COG4和OsbZIP23形成更强的正反馈环，直接调控激素信号转导和ROS代谢等寒害防御基因的表达。系统发育和育种应用分析表明，COG4和OsbZIP23在粳稻驯化过程中被人工选择保留，共同调控水稻的耐寒性。这一研究不仅揭示了OsbZIP23jap-COG4jap模块的调控机制，而且为分子设计育种提供了有价值的变异。

文章链接：

https://doi.org/10.1016/j.celrep.2024.114965

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五、Molecular Cell (IF:14.5 )

文章标题：

Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase II β decodes ER Ca2+ transients to trigger autophagosome formation

客户单位：中国科学院生物物理研究所

通讯作者：张宏

发表时间：2024年12月

主要研究成果：该研究表明揭示了CaMKIIβ如何响应内质网Ca2+ 瞬变以触发自噬起始复合物 FIP200的液-液相分离。研究发现自噬诱导条件下，内质网表面发生Ca2+ 瞬变，CaMKIIβ响应Ca2+ 瞬变从结合的肌动蛋白丝上脱离，形成点状凝聚体，并成为FIP200凝聚体形成的位点。CaMKIIβ可以与FIP200直接结合，并通过磷酸化调节FIP200复合物的液-液相分离及其理化特性，进而调控自噬体的形成过程。研究还发现CaMKIIβ参与控制自噬诱导过程中内质网Ca2+ 瞬变的幅度、持续时间和传播。而且在神经发育障碍（MRD54）病人中发现的CaMKIIβ 突变也会引起自噬的缺陷，提示自噬活性异常可能是导致该类疾病发生发展的重要原因。该研究表明CaMKIIβ对于维持和解码哺乳动物细胞中内质网Ca2+瞬态以指定自噬体形成至关重要。

文章链接：

https://doi.org/10.1016/j.molcel.2024.12.005

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